柴油发电机停机可分为两种：一是正常停机；二是紧急停机。
正常停机——停机前，先卸去负荷，然后调节调节调速器操纵手柄，逐步降低转速至750r/min左右，运转3~5min后再拨动停车手柄停车；尽可能不要在全负荷状态下很快将柴油机停下，以防出现过热等事故。对12缸V型柴油机，停车后应将电钥匙由“左”转向“中间”位置，以防止蓄电池电流倒流。在寒冷地区运行而需停车时，应在停车后立即打开机体侧面、淡水泵、机油冷却器(或冷却水管)及散热器等处的放水放水阀，放尽冷却水以防止冻裂。若用防冻冷却液时则不需打开放水阀。对需要存放较长时间的柴油机，在最后一次停车时，应将原用的机油放掉，换用封存油，再运转2min左右进行封存。如使用的是防冻冷却液，亦应放出。
紧急停车——当柴油机出现以下情况时，为避免柴油机发生严重事故可采取紧急停车。润滑油压力突然下降；柴油机出现不正常响声；飞轮松动，出现不正常摇摆现象；柴油机超速（飞车）；柴油机温度急剧上升；柴油机有管路断裂；柴油机使用现场出现易燃易爆气体等现象。
